在使用蘇州生物安全柜的過程中，應注意不要將軟質、細微的物品(例如:軟紙巾，衛生棉球等)放在工作臺面上，以免其被臺上的回風隔柵吸入負壓風道和風機中，影響設備的運行。
蘇州生物安全柜在日常使用的過程中要時常進行檢查，確保過濾器與系統間的密封沒有泄露，用扳手將螺絲帽擰緊，經常要清洗一下過濾器，對安全柜也要進行消毒清潔。
??
更換蘇州生物安全柜高效過濾器一定要將柜內表面及原超高效過濾器采用甲醛滅菌，更換時，最好讓使用的實驗員在場(預先詢問實驗時使用的細菌)。手和身體有外傷者不得進行操作，操作人員一定要戴上防毒面具和橡膠手套。取出的過濾器要立即密封放入塑料袋內，再放入紙箱內，使用過的工具具、手套也同樣處理，然后一起燒毀。在安裝新過濾器時，不要將身體伸到安全柜中，要小心警惕的工作。